La squadra salì in Serie A nel 1964, e il 31 gennaio 1965 sconfisse per 3-2 l'Inter di Herrera in una partita passata alla storia.
I rossoneri chiusero la stagione al nono posto in classifica e rimase in serie A fino al 1967,dopodichè scese in serie B.
Nel 1969 la squadra raggiunse il girone finale di Coppa Italia concludendolo al terzo posto e fu ripromossa in A nella stagione 1969-70 e la società riassunse la denominazione Unione Sportiva Foggia.

Nei sette anni successivi i satanelli ottennero prestazioni oscillanti collezionando tre promozioni e due retrocessioni. In questo periodo di alternanza fra B ed A, i pugliesi furono allenati anche da Ettore Puricelli, che guidò la squadra foggiana in più occasioni, anche negli anni ottanta.