Sotto la guida di Roberto De Zerbi i rossoneri vincono per la seconda volta la Coppa Italia di Lega Pro battendo nella doppia finale il Cittadella ma falliscono i play-off.

Nell'agosto 2016 la panchina dauna viene affidata a un altro ex calciatore del Foggia, Giovanni Stroppa, con il quale, nel 2016-2017 i satanelli ottengono il primo posto nel proprio girone e il ritorno in Serie B dopo 19 anni, assieme alla Supercoppa di Lega Pro dopo aver sconfitto il Venezia in finale, per 4-2.