Il ritorno in C1 e il fallimento

Nel 2003, con il tecnico Pasquale Marino, i dauni tornano in C1 primeggiando nel loro girone.
Dopo la stagione 2003-2004 terminata a metà classifica, il Foggia Calcio fallisce per cause economiche, perdendo il tecnico Marino e tutti i suoi giocatori migliori.