La notizia della scomparsa del club getta i tifosi nello sconforto, ma Giuseppe Coccimiglio prende in mano le redini della società e ridà fiducia all'ambiente.
Il club riassume il nome storico Unione Sportiva Foggia e mantiene la categoria di appartenenza concludendo un'altra stagione a metà classifica, dopo aver cambiato due allenatori.
Coccimiglio attira su di sé le critiche dell'ambiente non pagando alcune mensilità di stipendi.

Dopo una complessa trattativa la società passa nelle mani di una cordata d'imprenditori locali presieduti da Tullio Capobianco.
Nel 2007 il Foggia dell'allenatore Salvo Fulvio D'Adderio vince la Coppa Italia Lega Pro ma manca la promozione in Serie B, subendo nella finale dei play-off con l'Avellino un gol a novanta secondi dal termine.
Nei due anni successivi i satanelli sono ancora sconfitti ai play-off, mentre si salvano ai play-out nel 2010.